Alguns espaços da bacia foram transformados em áreas protegidas pelos governos federal e estadual. Sob a administração do Ministério do Meio Ambiente, através do IBAMA, estão as Reservas Biológicas de Poço das Antas e União. Recentemente, grande parte da bacia do rio São João foi transformada em Área de Proteção Ambiental Federal. O Governo do Estado criou o Parque Estadual dos Três Picos, cuja superfície abrange uma pequena mas importante parte da bacia, nas serras de Santana, São João e Taquaruçu, em Silva Jardim e Cachoeiras de Macacú. Ao primeiro pertencente Parque do Mico-Leão Dourado e ao segundo o Parque da Caixa d’Água. Proprietários rurais tem estabelecido Reservas Particulares do Patrimônio Natural –

A Associação Mico-Leão Dourado desenvolve e implementa estragegias de conservação para esta espécie ameaçada de extinção - e para o Mata Atlantica da baixada costeira do estado do Rio de Janeiro

Em Aldeia Velha, distrito de Casimiro de Abreu a Fazenda Bom Retiro merece um visita. Suas 4 cabanas, que levam os nomes de Felicidade - Paz - Amor e Alegria. O trabalho ecológico é um dos pioneiros no programa de reintrodução de micos-leoes-dourados em seu habit, em parceria com o IBAMA. Reconhecida como Rerserva do Patromônio Natural (RPPN) em 1993. A Fazenda é uma área de estudo, pesquisa e ensino. Entre seus objetivos está a preservaçaõ da área da Mata Atlantica.Funciona tambem como pousada e tem um restaurante excellente

Reserva Biológica União

Casimiro de Abreu, Rio das Ostras e Macaé - Floresta Atlântica Área: 3.126 ha Criação: (22/04/1998) Unidade de Proteção Integral Esta unidade foi criada para assegurar a proteção e recuperação de remanescentes da Floresta Atlântica e formações associadas, e da fauna típica, que delas depende, em especial o mico-leão-dourado (Leonthopitecus rosalia). Foi criada pelo Decreto s/n.º de 22.04.1998. Possui uma área de 3.126 ha. Está localizada no estado do Rio de Janeiro, nos município de Cassimiro de Abreu, Rio das Ostras e Macaé. O acesso à unidade é através da BR-101. Partindo-se do Rio de Janeiro, após 155 Km, mais precisamente no KM 185 da rodovia, encontra-se a sede administrativa da Reserva (a rodovia corta a unidade). Possui exemplares primários da Floresta Atlântica de Baixada do Rio de Janeiro. Abriga várias espécies endêmicas e ameaçadas de extinção, tais como: mico-leão-dourado, preguiça-de-coleira, surucucu-pico-de-jaca, dentre outras. Ameaças na unidade: linhas de transmissão de energia elétrica, gasoduto, rodovia e ferrovia.

Alunos das escolas municipais de Casimiro de Abreu vão lembrar o Dia da Árvore, 21 de Setembro, com o plantio de 10 mil mudas nativas da Mata Atlântica. A área a ser reflorestada está localizada entre a Reserva União e a Serra do Mar, no interior do Estado do Rio de Janeiro. O objetivo é formar um corredor de floresta naquele espaço permitindo a preservação das espécies da fauna brasileira que habitam a região, em especial, o mico-leão-dourado, primata ameaçado de extinção no planeta. A atividade será aberta com o grupo “Canto Coral” composto por cerca de 40 alunos de escolas municipais de Casimiro de Abreu que apresentam canções sobre preservação da natureza. Em seguida, eles se juntarão a outros 60 estudantes para iniciar o plantio. “Vamos acompanhar todo o trabalho. Os alunos receberão informações sobre as espécies, como realizar o plantio e a importância dos corredores ecológicos para a preservação da flora e fauna”, informou o biólogo da Secretaria Municipal de Meio Ambiente que desenvolve o programa de Educação Ambiental nas escolas, O plantio de árvores permitirá o deslocamento das populações de animais, além de restabelecer um trecho da mata ciliar do rio Dourado, importante afluente do rio São João. “Dentro de poucos anos esse corredor já estará cumprindo sua função”, disse o chefe da Rebio,A área a ser reflorestada tem 113 alqueires, que equivalem a aproximadamente 565 campos de futebol. Ela foi adquirida com recursos de diversas instituições internacionais e doada ao Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio). A Usina Termelétrica Norte Fluminense forneceu assistência jurídica e a Prefeitura de Casimiro de Abreu não cobrou o pagamento do Imposto sobre Transição de Bens e Imóveis (ITBI). As mudas foram doadas pelo Consórcio Intermunicipal Lagos São João. O plantio dará início ao Projeto Conectividade executado pela Reserva Biológica União, ICMBio e Associação Mico-Leão-Dourado, com o apoio da Conservação Internacional do Brasil e do Citibank. Luta pela preservação do mico tem resultados positivos A Reserva Biológica União tem cerca de 2,5 mil hectares de área e completa 10 anos. A Unidade de Conservação, que abrange os municípios de Casimiro de Abreu, Rio das Ostras e Macaé começa a cumprir seu papel. A população de micos-leões-dourados, que inicialmente era de 42 animais, chega a mais de 250. É na Reserva que está a segunda maior população silvestre do mico-leão-dourado, ficando atrás somente da Reserva Biológica Poço das Antas, localizada em Silva Jardim. A preservação da espécie foi o que motivou a criação da Rebio. O mico-leão-dourado corria o risco de desaparecer da região. A espécie foi perdendo seu habitat natural em função do crescimento das cidades e da expansão da agropecuária. Para reduzir os riscos de extinção, estudos apontaram a área como ideal para a conservação do animal. Foi aí que, em 1994, os primeiros grupos de mico-leão-dourado foram levados para o local. Na época, a área ainda pertencia à Rede Ferroviária Federal (RFFSA) e denominava-se Fazenda União. O objetivo principal era produção e tratamento de dormentes de eucaliptos para uso nas suas ferrovias. Em 1998, após intensa mobilização da população e ambientalistas, a Fazenda União foi transformada em Reserva Biológica e passou a ser de responsabilidade do Ibama e do recém-criado Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade.